Dopo la fase iniziale di assaggio, concordata nel 1982 e finanziata integralmente dall’Ufficio Centrale per i Beni Archivistici del Ministero (£ 50 milioni), la convenzione del 1985 ha consentito di avviare l’inventariazione sistematica dell’archivio grazie a un piano di lungo respiro che, dal punto di vista finanziario, prevedeva due fonti diverse di copertura, ciascuna delle quali si assumeva una componente di spesa: la Provincia di Genova, che si fece carico del compenso per i collaboratori, e il Ministero, che si sarebbe occupato della stampa dell’inventario. Il sostegno dei due enti fu stabilito per una periodo complessivo di nove anni, ritenuto sufficiente per la conclusione dell’operazione.
In realtà il lavoro si è rivelato più lungo del previsto: il numero delle unità da studiarsi, che in base alle pandette era stato stimato inizialmente in 33.000 pezzi, è andato lievitando nel tempo con la scoperta di varie migliaia di pezzi non inventariati e inoltre la produttività media dei collaboratori è stata minore degli standard usuali. Tutto ciò ha rimesso in questione il problema dei finanziamenti.
La copertura del compenso per i collaboratori, fornita dalla Provincia fino a tutto il 1995 (£ 450 milioni), è venuta meno negli anni seguenti, salvo un breve finanziamento dall’ottobre 1997 al marzo 1998 (£ 40 milioni) concesso dal medesimo ente nel quadro dei programmi per lavori socialmente utili. Dall’ottobre 1999 una nuova convenzione quadriennale tra la Società Ligure ed il Ministero ha assicurato i fondi per un quadriennio sino al settembre 2003 (£ 200 milioni). Nel 2004 si è potuto fruire di un contributo elargito spontaneamente dall’odierno Banco di San Giorgio, unica azienda di credito cittadina dimostratasi sensibile all’importanza dell’iniziativa (€ 26.400). Dal gennaio 2005 è intervenuto per la seconda volta il Ministero per i Beni Culturali ed Ambientali con un finanziamento biennale conclusosi nel dicembre 2006 (€ 52.000). Dall’aprile 2007,infine, si è potuto contare su un sostanzioso apporto della Compagnia di San Paolo (€ 45.000). Negli interstizi tra una sovvenzione e l’altra i collaboratori sono stati pagati con qualche contributo privato (€ 15.000) e con fondi personali di ricerca scientifica assegnati al responsabile dal Ministero dell’Università, dal Consiglio Nazionale delle Ricerche e dall’Ateneo (in totale € 5.500).
Grazie al sostegno finanziario giunto dalle diverse fonti, sia pure a pezzi e bocconi, da quando l’operazione è iniziata (1983) sino alla fine del 2006 la compagine dell'archivio è stata identificata per il 99%. Il finanziamento della Compagnia di San Paolo, ultimo in ordine di tempo, ha assicurato il compenso dei collaboratori fino a schedatura conclusa e la copertura delle spese per rendere disponibile in Internet l’intero inventario, inclusa naturalmente la parte già stampata sino al 2002.